MRI mengkaji keadaan struktur otak mengikut saiz, saiz dan ketumpatan tisu mereka. Ia harus diambil kira bahawa MRI mencerminkan ketumpatan tisu bergantung kepada kandungan air di dalamnya, dan oleh itu, pertama sekali, luka seperti bengkak otak (ONGM), penyakit demameliner, tumor diturunkan.