Ejen penyebab ensefalitis virus yang ditimbulkan oleh tikus adalah milik genus Flaviviruses. Virion mempunyai bentuk sfera, diameter 40-50 nm, mengandungi RNA, mereproduksi dengan baik dalam banyak budaya tisu. Dari makmal haiwan, tikus, hamster, monyet, tikus kapas paling sensitif terhadap virus. Rasa terdedah kepada virus encephalitis yang dilitupi dan banyak haiwan domestik.