Menentukan agen penyebab adalah penting untuk mengesahkan diagnosis pneumosistosis. Bahan asas untuk kajian - kahak, rembesan bronkial, mencuci diperolehi dengan membasuh lavage bronkus atau bronchoalveolar, hirisan tisu paru-paru yang diambil oleh transbronchial, perkutaneus atau biopsi terbuka. Selalunya, disebabkan oleh keadaan pesakit yang teruk, manipulasi ini tidak dilakukan untuk mengelakkan komplikasi.