Dengan jangkitan cytomegalovirus kongenital, sifat janin yang terjejas bergantung kepada tempoh jangkitan. Jangkitan cytomegalovirus akut pada ibu dalam tempoh 20 minggu pertama kehamilan boleh menyebabkan penyakit yang teruk janin, hasil yang keguguran spontan, kematian janin, mortvorozhdenie, kecacatan, dalam kebanyakan kes, tidak serasi dengan kehidupan. Apabila jangkitan dengan sitomegalovirus pada kehamilan lewat, prognosis untuk kehidupan dan perkembangan normal kanak-kanak adalah lebih baik.